Berikut struktur organisasi STMIK Mercusuar :
Ketua : Corizon Sinar Arainy, SE, MM
Ketua Program Studi Sistem Informasi : Abdur Rohman, M.Kom
Sekretaris Program Studi Sistem Informasi : Rianaldo, M.Kom
Ketua Program Studi Teknik Informatika : Karno Diantoro M.Kom
Ketua Program Studi Manajemen Informatika : H. Sefta Hermizan, M.Kom
Ketua Program Studi Komputerisasi Akuntansi : Ahmad Soderi, S.Kom, MM
Kepala Biro :
Biro Administrasi Akademik : Siti Fitri Kasanah, SE
Kepala Rumah Tangga dan Laboratorium : Juwari, M.Kom