Berikut struktur organisasi STMIK Mercusuar :

Ketua : Corizon Sinar Arainy, SE, MM
Wakil Ketua Bidang Akademik dan Kemahasiswaan : Agus Sumaryanto, M.Kom
Wakil Ketua Administrasi dan Keuangan : Susilo Aribowo, ST, MM

Ketua Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) : Buana Suhurdin Putra, ST, M.Kom
Sekretaris SPMI : M. Dwiyanto .W, SE, MM

Ketua Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) : DR. Andri Mulyono, S.Kom, MTI, MBA
Sekretaris LPPM : DR. Sarwo, M.Kom

Ketua Program Studi Teknik Informatika : DR. Andri Mulyono, S.Kom, MTI, MBA
Sekretaris Program Studi Teknik Informatika : Karno Diantoro, M.Kom,

Ketua Program Studi Sistem Informasi : DR. Sarwo, M.Kom
Sekretaris Program Studi Sistem Informasi : H. Sefta Hermizan, M.Kom
Ketua Program Studi Manajemen Informatika : Abdur Rohman, M.Kom
Ketua Program Studi Komputerisasi Akuntansi : Ahmad Soderi, S.Kom, MM
Ketua Program Studi Teknik Komputer : Ilham Aditia Chandra, ST, M.Kom

Kepala Biro :
Biro Administrasi Akademik : Siti Fitri Kasanah, SE
Biro Administrasi Umum dan Keuangan : Nur Zakiyah, A.Md.Kom
Kepala Rumah Tangga dan Laboratorium : Juwari, M.Kom
Perpustakaan : Samsul Maarif, M.Kom