Berikut struktur organisasi STMIK Mercusuar :
Ketua : Corizon Sinar Arainy, SE, MM
Pembantu Ketua I : Agus Sumaryanto, M.Kom
Pembantu Ketua II : Humam Sobroni, M.Si
Pembantu Ketua III : Dela Sam Halba, S.Ikom
Ketua Program Studi Teknik Informatika : Andri Mulyono, S.Kom, MTI, MBA
Sekretaris Program Studi Teknik Informatika : Adi Wahyu Setiawan, ST
Ketua Program Studi Sistem Informasi : Sarwo, M.Kom
Sekretaris Program Studi Sistem Informasi : Rinaldo, S.Kom
Ketua Program Studi Manajemen Informatika : H. Sefta Hermizan, M.Kom
Sekretaris Program Studi Manajemen Informatika : Abdurohman, S.Kom
Ketua Program Studi Komputerisasi Akuntansi : Ahmad Soderi, S.Kom
Sekretaris Program Studi Komputerisasi Akuntansi : Warwin Rintita Puteri, S.Pd
Ketua Program Studi Teknik Komputer : Ilham Aditia Chandra, ST, M.Kom
Sekretaris Program Studi Teknik Komputer : Karno Diantoro, M.Kom
Ketua Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) : Buana Suhurdin Putra, ST, M.Kom
Sekretaris SPMI : Anju Parapat, M.Kom
Ketua Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) : Andri Mulyono, S.Kom, MTI, MBA
Sekretaris LPPM : Sarwo, M.Kom
Kepala Biro :
Biro Administrasi Akademik : Siti Fitri Kasanah, SE
Biro Administrasi Umum dan Keuangan : Ety Widiati, S.Pd
Kepala Rumah Tangga dan Laboratorium : Juwari, S.Kom
Perpustakaan : Samsul Maarif, S.Kom