Berikut struktur organisasi STMIK Mercusuar :
Ketua : Corizon Sinar Arainy, SE, MM
Wakil Ketua Bidang Akademik dan Kemahasiswaan : Agus Sumaryanto, M.Kom
Wakil Ketua Administrasi dan Keuangan : Susilo Aribowo, ST, MM (Non Aktif)
Ketua Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) : Buana Suhurdin Putra, ST, M.Kom
Sekretaris SPMI : M. Dwiyanto .W, SE, MM
Ketua Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) : DR. Sarwo, M.Kom
Ketua Program Studi Teknik Informatika : Karno Diantoro, M.Kom
Sekretaris Program Studi Teknik Informatika : Ir. Anwar T Sitorus, M.Kom,
Ketua Program Studi Sistem Informasi : Abdur Rohman, M.Kom
Sekretaris Program Studi Sistem Informasi : Rianaldo, M.Kom
Ketua Program Studi Manajemen Informatika : H. Sefta Hermizan, M.Kom
Ketua Program Studi Komputerisasi Akuntansi : Ahmad Soderi, S.Kom, MM
Kepala Biro :
Biro Administrasi Akademik : Siti Fitri Kasanah, SE
Biro Administrasi Umum dan Keuangan : Putri Dian Lestari, S.Kom
Kepala Rumah Tangga dan Laboratorium : Juwari, M.Kom
Perpustakaan : Samsul Maarif, M.Kom