Berikut struktur organisasi STMIK Mercusuar :

Ketua : Corizon Sinar Arainy, SE, MM

Ketua Program Studi Sistem Informasi : Abdur Rohman, M.Kom
Sekretaris Program Studi Sistem Informasi : Rianaldo, M.Kom

Ketua Program Studi Teknik Informatika : Karno Diantoro M.Kom

Ketua Program Studi Manajemen Informatika : H. Sefta Hermizan, M.Kom
Ketua Program Studi Komputerisasi Akuntansi : Ahmad Soderi, S.Kom, MM

Kepala Biro :
Biro Administrasi Akademik : Siti Fitri Kasanah, SE
Kepala Rumah Tangga dan Laboratorium : Juwari, M.Kom