Struktur Organisasi STMIK Mercusuar :
Ketua Yayasan Pendidikan Administrasi Indonesia : Hj. Eny Azizah, S.E
Ketua STMIK Mercusuar : Corizon Sinar Arainy, S.E, M.M
Wakil Ketua I : Ahmad Soderi, S.Kom, M.M
Ketua Program Studi Sistem Informasi : Abdur Rohman, M.Kom
Sekretaris Program Studi Sistem Informasi : Rinaldo, M.Kom
Ketua Program Studi Teknik Informatika : Karno Diantoro, M.Kom
Sekretaris Program Studi Teknik Informatika : Anwar T Sitorus, M.Kom
Kepala Biro :
Biro Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan : Siti Fitri Kasanah, S.E
Biro Administrasi Umum dan Keuangan : Melati Ayuni Dewi
Kepala Rumah Tangga dan Laboratorium : Juwari, M.Kom